万历十六年（1588年）是一个特殊的年份，成了大明王朝的一个重要分水岭。
有个李沂的言官上疏引起了明神宗朱翊钧的异常震怒：“李沂不说贪官却唯独说朕贪婪，诽谤君父，罪行不可饶恕。”年底将李沂打了棍子后罢免回乡。此后明神宗开始步入不上朝的节奏。甚至免除了被提拔和新授职官员的面谢，自此上朝次数逐步减少。
其实这种情况在两年前已经隐约出现。
万历皇帝画像
万历十四年以后，明神宗朱翊钧就开始了拖延上朝。首先他的身体开始出现了一定的问题，其次在面对文官集团强烈呼吁早日立皇长子朱常洛问题上使他非常被动，原因是他对这个宫女为自己生的长子并不喜爱，想册立郑贵妃所生的皇三子。面对如雪片飞来的夹杂老祖宗的语气的奏折，万历缺乏辩论基础，于是干脆来了一个拖字。这个从小在张居正的宫廷畸形教育和冯保强势管制下长大的帝王，在战战兢兢的宫廷中生活，从小就缺乏自信，与嘉靖皇帝的强势和霸气相比，万历最多是只能跟太监们发火。也恰恰这种性格的逆反，让他绝不肯轻易让步。与大明的责任相比，他更看重的是家庭的温暖，发自内心的更喜欢能给他美好爱情生活的郑贵妃和他们生的这个孩子。于是明神宗有了一个新的主意对抗文官系统，而这个根源均产自其老师张居正。
以拖待变
群臣敦促立皇长子的“争国本”事件让万历异常恼火，原因是翊户科给事中姜应麟为代表的主流意见让万历有口难辩，虽然贵为皇帝，对此事却不能做主，他本意是想用“卿等以册立元子请，朕见羸弱，少候二三年举行”的理由拖延下去。《万历邸钞》
姜应麟对此并不买账，激烈指责万历说，郑贵妃虽然贤惠，所生的却只是第三子，而恭妃生的才是长子。按照大明祖制，希望不要将二人地位错位，并早立皇长子，否则于“伦理不顺，人心不安”，并希望皇上收回“三王并封”的成命，以平息舆论。这番话着实打中了万历的要害，气得他恼羞成怒将奏折丢到地上。感觉仍然不解气，把太监当出气筒，对他们喊：“册封贵妃，初非为东宫起见，科臣奈何讪朕！”说到激动处，他“啪啪啪”地拍着桌子，吓得太监们纷纷跪下请罪。《明史》
郑贵妃画像
最后万历下旨痛责姜应麟说：“已有旨了，这厮如何又来渎奏？姑降三级调用”。几天后，他与内阁成员再次谈及此事，批评姜应麟说：“朕之降处，非为册封，只因其怀疑我立幼废长，揣摩我的心意，我朝立储自有成宪，岂敢私己意以坏公论。而且他要把朕置于不善之地，所以我处理他。”《明神宗实录》
这件事情甚至传到了他的母亲慈圣皇太后那里。万历向太后那里请安时，问起长孙说：“外廷诸臣都说该早定长哥，如何打发他？”万历随口说：“道他是都人”（宫人的别称）。皇太后听了非常不高兴驳斥说：“母以子贵，宁分差等？别忘了，你也是都人的儿子！”《先拔志始》
这话触动了万历的痛点和自尊，面对母亲这句非同寻常的重话，万历惶恐万状，趴在地上请罪，迟迟不敢起来。《张廷玉明史》
明代官员画像
以病抗争
此后不久，万历开始连续不上朝，理由是生病了。对此他需要向内阁成员进行情况通报：“朕前御门，已于卯初起矣。一时头晕眼黑，力乏不兴，已御卿等暂免朝讲数日，以为静摄，服药庶效。今连服药饵，身体虚弱，头晕未止。”《定陵注略》
万历皇帝身体不好似乎应是实情，从后世画像来看，其身体严重肥胖，难免患有“高血压”、“高血脂”等心脑疾病，最重要的是面对终日的烦躁和生气，对其健康的影响都是严重的。礼部官员卢洪春含蓄委婉地给万历上疏，要皇上“慎起居”，注意节制酒色之欲。
南京礼部侍郎赵志皋上疏恳请皇帝保重身体，上疏内容大概说：“臣在邸报中看见皇上免朝的旨意，又见批答大学士王锡爵的奏疏说：‘朕从去年以来，体内动肝火，头晕目眩，不能经受繁重和劳累。想静下心来调养，不是图安逸而怠荒政事。’皇上现在盛年，稍有不舒服，休养一下就能恢复，何至延长如此，难道深宫就可以自我纵欲懈怠吗？在日理万机的闲暇想要娱乐，却沉溺于女色而不节制吗？……”这份奏折言辞虽不激烈，却字字见血，万历皇帝看到后，却淡淡地批阅“知道了”。
万历十七年的夏天，明神宗朱翊钧再次传谕内阁讲述病情，将软对抗引向深入：“朕自前月服平肝清心之剂，至今头尚眩晕眼黑，心满肠涨，饮食少思，寝不成寐，身体尚软……”《明神宗实录》
面对文官的各种“药方”，万历置之不理，有的就是批示“知道了”，将躲猫猫这种游戏深度用于帝国的运行之中。
万历的委屈
到了八月份，朱翊钧更加深居不出，皇帝的无限假期，引起了文官集团的严重焦虑。以大理寺评事雒于仁的《四箴疏》将万历与臣下的这种对抗走向全面公开化。雒于仁在上疏中说：“臣当官一年多，仅朝见陛下三次。此外只听说皇上身体不适，传旨免除一切活动，南郊祭天和太庙供奉，派官员代行，政事不过问，经筵长久停止。臣知道陛下之所以致病是有原因的。”接着他总结了明神宗的病无非来源于酒色财气。将他所有的病症归结为这几乎是历代所有昏君身上特点用在他身上，可知激烈之程度。
奏疏递入，明神宗大为震怒。
万历和文官舞台形象
他召见申时行、许国、王锡爵、王家屏，开口就说：“雒于仁又把我的病气得严重了。”随手把雒于仁的《四箴疏》给他们看。“先生每（们）看这本，说朕酒色财气，试为朕评一评。”没等他们说话，万历自己先说出了多年的委屈，这段诉苦，也颇为性情甚至看到了帝王鲜为人知的平常人一面：“他说朕好酒，谁人不饮酒？若酒后持刀舞剑，非帝王举动，那是有事。又说朕好色，偏宠贵妃郑氏。朕只因郑氏勤劳，朕每一至宫，她必相随。朝夕间她独小心侍奉，委的勤劳。如恭妃王氏，他有长子，朕着他调护照管，母子相依，所以不能朝夕侍奉。何曾有偏？他说朕贪财，因受张鲸贿赂。昨年李沂也这等说。朕为天子，富有四海之内，普天之下莫非王土，天下之财皆朕之财。若贪张鲸之财何不抄没了他？又说朕尚气。古云：少时戒之在色，壮时戒勇戒斗。勇即是气，朕岂不知！但人孰无气？且如先生每也有僮仆家人，难道更不责治？如今内侍宫人等，或有触犯及先误差使的，也曾杖责，然亦有疾疫死的，如何说都是杖死？先生每将这奏本去票拟重处。”《申时行召对录》
这段颇为接地气的万历独白生动全面地对以雒于仁为代表的文官对他的诽谤予以回击，于今看来，万历的苦衷的确是鲜能得到当时大臣的理解。
首辅申时行看到皇帝如此罕见声辩诉苦，也很动容，只得宽慰他说：“此无知小臣误听道路之言，轻率渎奏……”。万历气愤地说：“他还是出位沽名”、“朕气他不过，还要重处”。申时行耐心地宽慰劝解，当看到明神宗的决心已不可挽回时，就说：“这个奏疏不能发到外廷，免得有人信以为真。希望陛下委屈一些，宽容赦免，臣等马上传谕大理寺，让雒于仁离职。”首辅申时行处事温和低调，尽可能缓冲神宗和群臣的矛盾，然而在是否立太子问题上，他罕见地表达对抗立场，联合群臣以集体辞职相威胁。万历最后扔给他们两个字“悖逆”，加上其他因素的不得志，申时行这年辞职回家。朱翊钧的脾气由此越来越坏，每次奏疏一上，势必大怒，一个“怒”字几乎占据了万历二十年（1592年）之后的所有光景。
张居正畸形教育的后遗症
万历二十四年（1596），检察院左副都御史张养蒙再次对万历皇帝提出尖锐批评，他针对朝政废弛，具体概括为五大方面：一是部院之体渐轻，二是科道之职渐轻，三是抚按之任渐轻，四是进献之途渐重。《万历邸钞》对此万历未作出任何回应。没多久，他再次上疏，语气更加严厉，指出“重灾不可再玩，实政不可再虚”认为万历需要“正己心”来“回天心”并加大了对其性格上的总结和批判，认为他“好逸、好疑、好胜、好货”。其措辞并不比雒于仁委婉，此刻万历似乎掌握了对待他们的诀窍，既不生气，也不作任何反应，干脆不予理睬，淡化任何影响。
张居正画像
多年后，当明代文人张岱给雒于仁和张养蒙写传的时候，认为万历对待言官的方式和方法完全得到了张居正的“真传”。在张居正主政时期，对言官非常反感，在万历很小的时候就常常对其灌输讨厌言官的思想：“张江陵恨言官入骨，于冲主之前极力丑诋，不曰套子（套路），则曰沽名，遂使冲主不复以人言介意，而痛哭流涕之言，悉以谈笑置之。盖曰堕其云雾中，而倘恍不之觉也。”于是张岱总结此后的明朝二十年均是不痛不痒之中，而万历的这些悲剧都是张居正的教育所致“总以江陵（张居正）一语酿成，其害可胜道哉！”《张岱?石匱书》
万历舞台形象
许多人认为朱翊钧长年“不朝”，是万历怠政的一个重要表现。事实上，不上朝和不理政是完全不同的两个概念，“万历三大征”的胜利就是在他不上朝的时期取得的。万历中期后皇帝虽然不上朝，但是不上朝之后并没有宦官干政，也没有外戚干政，也没有严嵩这样的奸臣，朝内党争也有所控制，日本入侵朝鲜、女真入侵和梃击案，朱翊钧都有反应，说明他还是有在看奏章，并透过一定的方式控制朝局。按照万历的想法就是，既然你们不听我的，我就不见你们，这种逆反心理，在朱翊钧做了皇帝后愈发变得清晰，其自幼遭遇的畸形宫廷教育让他的性情很不沉稳，心智似乎与年龄并不相符。尽管张居正最初的想法是将其培养成“完美无缺”的帝王，然而他也许并不知道，一个人健康成长并非只有读书便可以一劳永逸，何况要将他培养成帝国的主宰者。他做梦也未想到，这个孩子在其去世不久就对其发起了严酷的清算，单从这个角度来看，张居正的教育模式是失败的，某种程度让大明王朝提前滑落向深渊。